Un atlas a nivel de tejido del viroma humano sano

Antecedentes: Los microbios residentes en humanos pueden influir tanto en la salud como en la enfermedad. La investigación del microbioma utilizando tecnología de secuenciación de próxima generación ha revelado ejemplos de mutualismo y conflicto entre microbios y humanos. En comparación con las bacterias, el componente viral del microbioma (es decir, el "viroma") está poco estudiado. Los tejidos somáticos de individuos sanos suelen ser inaccesibles para el muestreo del viroma; Por lo tanto, existe una comprensión limitada de la presencia y distribución de virus en los tejidos de individuos sanos y de cómo la infección viral se asocia con la expresión genética humana y altera la homeostasis inmunológica.

Resultados: Para caracterizar el viroma humano de una manera específica de tejido, aquí realizamos un análisis metatranscriptómico utilizando el conjunto de datos de secuenciación de ARN del Proyecto Genotype-Tissue Expression (GTEx). Analizamos los 8991 datos de secuenciación de ARN obtenidos de 51 tejidos somáticos de 547 individuos y detectamos con éxito 39 especies virales en al menos un tejido. Luego investigamos las asociaciones entre la infección por virus y la expresión de genes humanos y la aparición de enfermedades en humanos. Detectamos algunas relaciones esperadas; por ejemplo, la infección por el virus de la hepatitis C en el hígado se asoció fuertemente con la regulación positiva de genes estimulados por interferón y con hallazgos patológicos de hepatitis crónica. La presencia del virus del herpes simple tipo 1 en el cerebro de un sujeto está fuertemente asociada con la expresión de genes inmunes. Si bien el virus torque teno se detectó en una amplia gama de tejidos humanos, no se asoció con respuestas al interferón. Destacando su asociación con trastornos linfoproliferativos, la infección por el virus de Epstein-Barr en el bazo y la sangre se asoció con un aumento de células plasmáticas en sujetos sanos. El herpesvirus humano 7 se detectaba con frecuencia en el estómago; Curiosamente, está asociado con la proporción de leucocitos humanos en el estómago, así como con la expresión de genes digestivos. Además, las infecciones virales en los tejidos locales se asocian con respuestas inmunes sistémicas en la sangre circulante.

Conclusiones: Hasta donde sabemos, este estudio es la primera investigación exhaustiva del viroma humano en una variedad de tejidos en individuos sanos mediante análisis metatranscriptómico. Será útil realizar más investigaciones sobre las asociaciones descritas aquí y aplicar este proceso analítico a conjuntos de datos adicionales para revelar el impacto de las infecciones virales en la salud humana.

REFERENCES:
Feng B, Liu B, Cheng M, Dong J, Hu Y, Jin Q, Yang F. An atlas of the blood virome in healthy individuals. Virus Res. 2023 Jan 2;323:199004. doi: 10.1016/j.virusres.2022.199004. Epub 2022 Nov 17. PMID: 36402209; PMCID: PMC10194198.

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