Se han producido contagios zoonóticos de virus a través del comercio de animales en todo el mundo. El inicio de la pandemia de COVID-19 se rastreó epidemiológicamente hasta el mercado mayorista de mariscos de Huanan. Aquí, analizamos los datos ambientales de qPCR y secuenciación recopilados en el mercado de Huanan a principios de 2020. Demostramos que la diversidad genética del coronavirus 2 del síndrome respiratorio agudo severo (SARS-CoV-2) vinculado al mercado es consistente con la aparición del mercado y encontramos un aumento de la positividad del SARS-CoV-2 cerca y dentro de un puesto de animales salvajes. Identificamos ADN de animales salvajes en todas las muestras positivas al SARS-CoV-2 de este puesto, incluidas especies como civetas, ratas de bambú y perros mapaches, previamente identificadas como posibles huéspedes intermediarios. También detectamos virus animales que infectan a perros mapaches, civetas y ratas de bambú. Combinando enfoques metagenómicos y filogenéticos, recuperamos genotipos de animales de mercado y los comparamos con los de granjas y otros mercados. Este análisis proporciona la base genética para una lista corta de posibles huéspedes intermediarios del SARS-CoV-2 a los que se les debe dar prioridad para el muestreo serológico y viral.
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